Das Rote Meer ist eine reiche Umgebung und ein Nährboden für zahlreiche Tier- und Pflanzenarten. Marsa Alam beherbergt mehr als 1000 Fischarten und über 200 Arten verschiedener Hartkorallen, die speziell an die Temperaturverschiebungen des Meeres im Laufe des Jahres in der Region angepasst sind. Meeresschildkröten und Delfine sind ein häufiger Anblick über Marsa Alam und Touristen können sogar die außergewöhnliche Seekuh (Dugong) am Morgen in Marsa Mubarak, Marsa Shouna und Marsa Egla in der Nähe von Port Ghalib sehen.

In der Nähe des Malikia Resorts finden Touristen Naturschutzgebiete, die die Wertschätzung und Pflege von Tieren, Pflanzen und ihren natürlichen Lebensräumen fördern. In der Region Marsa Alam können Touristen das Samadi Reef besuchen und seine 5000 Delfine erleben, die gerne raus kommen und schwimmen. Im Daedelus Reef können Taucher große Fische, Aale, Thunfische und sogar Hammerhaie finden. Das Hamata-Reservat ist ein Naturschutzgebiet, das Korallenriffe und andere exotische Meereslebewesen wie seltene Seegrasarten umfasst. Für Landliebhaber bietet die Region Marsa Alam auch das Naturschutzgebiet Jebel Elba, in dem sich Täler mit wilden Tieren, Seevögeln und Pflanzen befinden.